Gerando coordenadas atômicas
A Wolfram Language é capaz de gerar estruturas 3D para moléculas baseadas apenas no gráfico químico. Este exemplo mostra como gerar 100 conformações aleatórias para a adenosina e encontrar a estrutura de menor energia.
Gere uma lista de 100 moléculas com diferentes coordenadas geradas aleatoriamente.
Visualize as moléculas o mais junto possível.
Encontre a energia do campo de força para as diferentes conformações.
Agora otimize as conformações de energia usando o campo de força MMFF. Note que a propagação de energia é menor e as energias globais diminuíram.
Use TakeSmallestBy para encontrar a molécula com a conformação de menor energia.
