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配列アラインメントと配列分析
Mathematica
7には,強力で最新の配列分析ツールが加えられている.バイオインフォマティクス,テキスト分析,その他の適用に適した配列分析ツールは,文字列と一般的なリストの両方に使用でき,一般的な
Mathematica
のプログラミングと可視化システムに統合されている.いずれの場合もさらに計算できるように整理された結果を返す.
局所的・大域的なアラインメント法をサポート
»
Smith-Waterman,Needleman-Wunsch,およびその他の類似の方法
»
組込みの標準相似行列,および一般相似規則
GenomeData
等との完全な互換性
»
文字列と一般リスト式の両方をサポート
連続・非連続のよく使われる部分配列のための関数
»
クラスタ分析,最近傍等に完全統合
»
大規模な配列相似性を素早く可視化する
標準的な配列相似性問題を解く
計算可能な形式で配列アラインメントを生成する
任意の計算で配列アラインメント結果を使用する
タンパク質配列アラインメントを即座に可視化する
組込みの配列相似行列を使ってクラスタ分析を行う
配列アラインメントを新たな可視化を調べる
関連関数
SequenceAlignment
LongestCommonSequence
LongestCommonSubsequence
DamerauLevenshteinDistance
SmithWatermanSimilarity
NeedlemanWunschSimilarity
その他
配列アラインメントと比較
距離と類似度の測定
バージョン7.0の新機能:コアとなる言語
文字列操作
関連項目
統合されたゲノムデータとタンパク質データ
離散微積分
バージョン6の新機能:高レベルの文字列計算
バージョン6の新機能:組合せ最適化
バージョン6の新機能:探索的データ解析
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