Sous-séquence commune d'ADN de gènes
Les fonctions LongestCommonSequence et LongestCommonSubsequence de la version 7 sont maintenant complétées par leurs homologues LongestCommonSequencePositions et LongestCommonSubsequencePositions.
Comparez les séquences d'ADN de gènes aléatoires du chromosome Y.
![Click for copyable input](assets.fr/common-dna-subsequence-of-genes/In_32.png)
genes = RandomSample[GenomeData["ChromosomeYGenes"], 4]
![](assets.fr/common-dna-subsequence-of-genes/O_40.png)
Groupez ces gènes par paires.
![Click for copyable input](assets.fr/common-dna-subsequence-of-genes/In_33.png)
With[{subsets = Subsets[genes, {2}]},
Table[pair[i] = subsets[[i]], {i, 1, Length[subsets]}]];
Définissez une fonction qui obtiendra les positions de la plus longue séquence continue d'ADN commune à chaque paire, ainsi que la séquence elle-même.
![Click for copyable input](assets.fr/common-dna-subsequence-of-genes/In_34.png)
commonDNASubequence[{g1_, g2_}] :=
With[{d1 = GenomeData[g1], d2 = GenomeData[g2]}, {{g1, g2},
LongestCommonSubsequencePositions[d1, d2],
LongestCommonSubsequence[d1, d2]}]
La plus longue séquence commune de la première paire.
![Click for copyable input](assets.fr/common-dna-subsequence-of-genes/In_35.png)
commonDNASubequence[pair[1]]
![](assets.fr/common-dna-subsequence-of-genes/O_41.png)
La plus longue séquence commune de la seconde paire.
![Click for copyable input](assets.fr/common-dna-subsequence-of-genes/In_36.png)
commonDNASubequence[pair[2]]
![](assets.fr/common-dna-subsequence-of-genes/O_42.png)
La plus longue séquence commune de la troisième paire.
![Click for copyable input](assets.fr/common-dna-subsequence-of-genes/In_37.png)
commonDNASubequence[pair[3]]
![](assets.fr/common-dna-subsequence-of-genes/O_43.png)
La plus longue séquence commune de la quatrième paire.
![Click for copyable input](assets.fr/common-dna-subsequence-of-genes/In_38.png)
commonDNASubequence[pair[4]]
![](assets.fr/common-dna-subsequence-of-genes/O_44.png)
La plus longue séquence commune de la cinquième paire.
![Click for copyable input](assets.fr/common-dna-subsequence-of-genes/In_39.png)
commonDNASubequence[pair[5]]
![](assets.fr/common-dna-subsequence-of-genes/O_45.png)
La plus longue séquence commune de la sixième paire.
![Click for copyable input](assets.fr/common-dna-subsequence-of-genes/In_40.png)
commonDNASubequence[pair[6]]
![](assets.fr/common-dna-subsequence-of-genes/O_46.png)