分子を組み換える

いったんMoleculeが作成されてから，結果の構造を変更しなければならないことがよくある．MoleculeModifyは，電荷や質量数等の原子特性を変更することから，部分構造全体を追加あるいは削除することまで，幅広い種類の修正を行うことができる．

ノルマルヘキサンに閉環の化学結合を加え，シクロヘキサンを形成する．

二重結合の酸素原子を加え，シクロヘキサノンを作る．

負電荷を酸素原子に加えて，フェノールをフェノラートに変換する．

酸素原子の電荷の変更に従って，結合されている水素原子の数が変更される．この変更は，ValenceErrorHandlingオプションを使って無効にすることができる．

炭素原子を窒素で置き換える．