Wolframソリューションバイオインフォマティクスユーザ自身のデータあるいはWolfram Researchのデータの取り出し,高度な記号と数値による解析の適用,可視化,そしてインタラクティブなレポートや即時アプリケーションの生成.これらの操作すべてを単一のシステムの中で統合されたワークフローを使って行うことができます. Wolframのバイオインフォマティクスのソリューションは,現在使用可能な環境の中でも最も自動化され信頼できる計算,開発,配備の環境を提供しながら,組込みで計算可能なゲノムやタンパク質のデータ,および配列アラインメントといった特化された機能をシームレスに統合します. |
Wolframの強み
Wolframを使う理由
主な機能
Wolframテクノロジーには,何千もの組込み関数が含まれています.
- Wolfram SystemModeler で生物系をモデル化する
- ヒトゲノムを素早く検索する
- 計算可能な形式で配列アラインメントを生成する
- 大規模な配列アラインメントをすぐに可視化する
- 遺伝子構造を即座に比較する
- Wolfram SystemModeler で生体反応ネットワークを可視化する
- 統合されたタンパク質構造,要素,色のデータを使ってタンパク質のレンダリングを正確に生成する
- タンパク質の配列アラインメントを即座に可視化する
- 組込みのタンパク質構造データを使って,ラマチャンドラン(Ramachandran)プロットを生成したり,タンパク質折りたたみを可視化したりする
- 遺伝子の相互作用ネットワークを可視化する
- アルゴリズムを素早く開発,テストする
- 強力な計算環境において,即座に使用できるゲノムとタンパク質の精選データにレガシーデータを簡単に統合する
- インタラクティブなアプリケーションを構築し,Wolfram CDF Player を使ってそれを配備する
Wolframの強み
Wolframを使う理由
主な機能
現在お使いのツール には以下のような利点がありますか.
-
自由形式の言語入力によって,シンタックスを使わずに結果を即座に出すことが可能
Wolframテクノロジー特有の機能 -
前処理をしなくてもすぐに使用できる,ゲノムとタンパク質の組込み精選データ
Wolframテクノロジー特有の機能 -
アプリケーションのプロトタイプを素早く作成するためのインターフェースが自動構築できる高レベル言語
BioPerl,BioJava,BioPythonでは,インタラクティブなアプリケーションのプロトタイプを作成するために,大々的なプログラミングが必要 -
ゲノム,タンパク質等のデータを解析するための強力で統合された統計とグラフィックスのツール
Bioconductor等のR言語を使うプロジェクトは,ゲノムのデータのみに焦点を当てる -
組込みの高レベル計算およびレポートの自動生成
BioPerl,BioJava,BioPythonには,レポートの自動生成機能は含まれていない -
マルチコアのコンピュータにおいて,計算量とデータ量が多い問題を解くために簡単に使える並列計算機能
他のすべてのシステムにおいては,プロセスを並列化するために大々的なプログラミングが必要 -
記号的関数アーキテクチャによって可能となる高レベルの完全ワークフロー
R言語には記号演算機能は組み込まれていない
Wolframの強み
Wolframを使う理由
主な機能
Wolfram言語には,計算,モデル作成,可視化,開発,配備のための何千もの組込み関数が含まれています. »
バイオインフォマティクスに特有の機能:
- 標準ヒトゲノムに関する,継続的にアップデートされるデータへの組込みのアクセス »
- すべての参照ヒトタンパク質に関する,オンデマンドでロードされる統合データ »
- ヒトゲノムの配列の高速完全一致検索 »
- 遺伝子構造情報,遺伝子機能メタデータ,オントロジーのデータへのアクセス
- 染色体と分染法についての組込み情報
- Affymetrix,GenBank,EDF,FASTA,
NEXUS,PDB等のデータ形式で簡単にインポートできる » - 連続および非連続の一般部分配列の関数 »
- Smith–Waterman, Needleman–Wunsch等の局所法および大域法を使った配列アラインメント »
- クラスタ分析,最近傍等を使ってデータを分割する »
- 自由形式の言語入力によって,シンタックスを使わずに結果を即座に出すことが可能 »
- 最短経路,グラフ同型等を決定する組込みのグラフ理論関数
- データベース,Java,C,.NETコードにリンクしたり接続したりできる広範な機能 »
- 標準の式表記を含めた,文字列と一般リストの高度な操作 »
- スタンドアロンで使用するため,あるいは他のシステムと統合するために,コンパイル可能なWolfram言語のプログラムをCコードに自動変換する
Wolfram SystemModeler は高忠実度モデリングのための物理モデリングとシミュレーションの最も完全なツールです.SystemModeler では次のようなことができます.
- 組込みのBioChemライブラリを使って,生物系をモデル化する »
- SBML(システム生物学マークアップ言語)のモデルをインポート,エキスポートする »
- 生体反応ネットワークを可視化する »
- Mathematica とシームレスに接続し,統合された究極のモデリング,シミュレーション,解析のワークフローを使う