Wolframソリューションバイオインフォマティクス
ユーザ自身のデータあるいはWolfram Researchのデータの取り出し,高度な記号と数値による解析の適用,可視化,そしてインタラクティブなレポートや即時アプリケーションの生成.これらの操作すべてを単一のシステムの中で統合されたワークフローを使って行うことができます.
Wolframのバイオインフォマティクスのソリューションは,現在使用可能な環境の中でも最も自動化され信頼できる計算,開発,配備の環境を提供しながら,組込みで計算可能なゲノムやタンパク質のデータ,および配列アラインメントといった特化された機能をシームレスに統合します.
- Wolframの強み
- Wolframを使う理由
- 主な機能
Wolframテクノロジーには,以下のようなことができる何千もの組込み関数が含まれています.
- Wolfram System Modelerで生物系をモデル化する
- ヒトゲノムを素早く検索する
- 計算可能な形式で配列アラインメントを生成する
- 大規模な配列アラインメントをすぐに可視化する
- 遺伝子構造を即座に比較する
- Wolfram System Modelerで生体反応ネットワークを可視化する
- 統合されたタンパク質構造,要素,色のデータを使ってタンパク質のレンダリングを正確に生成する
- タンパク質の配列アラインメントを即座に可視化する
- 組込みのタンパク質構造データを使って,ラマチャンドラン(Ramachandran)プロットを生成したり,タンパク質折りたたみを可視化したりする
- 遺伝子の相互作用ネットワークを可視化する
- アルゴリズムを素早く開発し,テストする
- 強力な計算環境において,即座に使用できるゲノムとタンパク質の精選データにレガシーデータを簡単に統合する
- インタラクティブなアプリケーションを構築し,Wolfram Playerを使ってそれを配備する
現在お使いのツール には以下のような利点がありますか.
-
自由形式の言語入力によって,シンタックスを使わずに結果を即座に出すことが可能
Wolframテクノロジー特有の機能 -
前処理をしなくてもすぐに使用できる,ゲノムとタンパク質の組込み精選データ
Wolframテクノロジー特有の機能 -
アプリケーションのプロトタイプを素早く作成するためのインターフェースが自動構築できる高レベル言語
BioPerl,BioJava,BioPythonでは,インタラクティブなアプリケーションのプロトタイプを作成するために,大々的なプログラミングが必要 -
ゲノム,タンパク質等のデータを解析するための強力で統合された統計とグラフィックスのツール
Bioconductor等のR言語を使うプロジェクトは,ゲノムのデータのみに焦点を当てる -
組込みの高レベル計算およびレポートの自動生成
BioPerl,BioJava,BioPythonには,レポートの自動生成機能は含まれていない -
マルチコアのコンピュータにおいて,計算量とデータ量が多い問題を解くために簡単に使える並列計算機能
他のすべてのシステムにおいては,プロセスを並列化するために大々的なプログラミングが必要 -
記号的関数アーキテクチャによって可能となる高レベルの完全ワークフロー
R言語には記号演算機能は組み込まれていない
Wolfram言語には,計算,モデル作成,可視化,開発,配備のための何千もの組込み関数が含まれています »
バイオインフォマティクスに特有の機能
- 標準ヒトゲノムに関する,継続的にアップデートされるデータへの組込みのアクセス »
- すべての参照ヒトタンパク質に関する,オンデマンドでロードされる統合データ »
- ヒトゲノムの配列の高速完全一致検索 »
- 遺伝子構造情報,遺伝子機能メタデータ,オントロジーのデータへのアクセス
- 染色体と分染法についての組込み情報
- Affymetrix,GenBank,EDF,FASTA,
NEXUS,PDB等のデータ形式で簡単にインポートできる » - 連続および非連続の一般部分配列の関数 »
- Smith–Waterman, Needleman–Wunsch等の局所法および大域法を使った配列アラインメント »
- クラスタ分析,最近傍等を使ってデータを分割する »
- 自由形式の言語入力によって,シンタックスを使わずに結果を即座に出すことが可能 »
- 最短経路,グラフ同型等を決定する組込みのグラフ理論関数
- データベース,Java,C,.NETコードにリンクしたり接続したりできる広範な機能 »
- 標準の式表記を含めた,文字列と一般リストの高度な操作 »
- スタンドアロンで使用するため,あるいは他のシステムと統合するために,コンパイル可能なWolfram言語のプログラムをCコードに自動変換する
Wolfram System Modelerは高忠実度モデリングのための物理モデリングとシミュレーションの最も完全なツールです.System Modelerでは次のようなことができます.
- 組込みのBioChemライブラリを使って,生物系をモデル化する »
- SBML(システム生物学マークアップ言語)のモデルをインポート,エキスポートする »
- 生体反応ネットワークを可視化する »
- Mathematicaとシームレスに接続し,統合された究極のモデリング,シミュレーション,解析のワークフローを使う
コンサルティングソリューション
世界に名高い計算の専門家が,あらゆる規模,あらゆるレベルのプロジェクトをお手伝いします. Wolframは,計算テクノロジーの創出において世界的なリーダーであり,このテクノロジーでどのようなことが可能であるかを知っています.このため,Wolframは,計算テクノロジーをさまざまな分野のコンサルティングに適用するための前例のない高度な専門知識を有しているのです.個人でも企業でも,コンセプトから配備まで,弊社の計算専門家が,より少ない時間と労力で頑強な結果が得られるようサポートします.今すぐ始めてみませんか