Gemeinsame DNA-Teilfolgen in Genen
Die Funktionen LongestCommonSequence und LongestCommonSubsequence der Version 7 wurden nun durch ihre positionsgebenden Gegenstücke LongestCommonSequencePositions und LongestCommonSubsequencePositions ergänzt.
Vergleichen Sie die DNA-Sequenzen zufälliger Gene des Y-Chromosoms.
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genes = RandomSample[GenomeData["ChromosomeYGenes"], 4]
![](assets.de/common-dna-subsequence-of-genes/O_40.png)
Gruppieren Sie diese Gene nach Paaren.
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With[{subsets = Subsets[genes, {2}]},
Table[pair[i] = subsets[[i]], {i, 1, Length[subsets]}]];
Bestimmen Sie eine Funktion, die die Positionen der längsten gemeinsamen zusammenhängenden DNA-Sequenz jedes Paares, sowie die Sequenz selbst ermittelt.
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commonDNASubequence[{g1_, g2_}] :=
With[{d1 = GenomeData[g1], d2 = GenomeData[g2]}, {{g1, g2},
LongestCommonSubsequencePositions[d1, d2],
LongestCommonSubsequence[d1, d2]}]
Die längste gemeinsame Teilfolge des ersten Paares.
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commonDNASubequence[pair[1]]
![](assets.de/common-dna-subsequence-of-genes/O_41.png)
Die längste gemeinsame Teilfolge des zweiten Paares.
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commonDNASubequence[pair[2]]
![](assets.de/common-dna-subsequence-of-genes/O_42.png)
Die längste gemeinsame Teilfolge des dritten Paares.
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commonDNASubequence[pair[3]]
![](assets.de/common-dna-subsequence-of-genes/O_43.png)
Die längste gemeinsame Teilfolge des vierten Paares.
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commonDNASubequence[pair[4]]
![](assets.de/common-dna-subsequence-of-genes/O_44.png)
Die längste gemeinsame Teilfolge des fünften Paares.
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commonDNASubequence[pair[5]]
![](assets.de/common-dna-subsequence-of-genes/O_45.png)
Die längste gemeinsame Teilfolge des sechsten Paares.
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commonDNASubequence[pair[6]]
![](assets.de/common-dna-subsequence-of-genes/O_46.png)