Subsecuencia común de genes de ADN
Las funciones de la versión 7 LongestCommonSequence y LongestCommonSubsequence ahora están complementados por sus contrapartes posicionales LongestCommonSequencePositions y LongestCommonSubsequencePositions.
Compare las subsecuencias de ADN de genes aleatorios del cromosoma Y.
In[1]:=
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genes = RandomSample[GenomeData["ChromosomeYGenes"], 4]
Out[1]=
![](assets.es/common-dna-subsequence-of-genes/O_40.png)
Agrupe estos genes en pares.
In[2]:=
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With[{subsets = Subsets[genes, {2}]},
Table[pair[i] = subsets[[i]], {i, 1, Length[subsets]}]];
Defina una función que obtendrá las posiciones de secuencia de ADN continua más larga común para cada par, junto con la secuencia misma.
In[3]:=
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commonDNASubequence[{g1_, g2_}] :=
With[{d1 = GenomeData[g1], d2 = GenomeData[g2]}, {{g1, g2},
LongestCommonSubsequencePositions[d1, d2],
LongestCommonSubsequence[d1, d2]}]
La subsecuencia común más larga del primer par.
In[4]:=
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commonDNASubequence[pair[1]]
Out[4]=
![](assets.es/common-dna-subsequence-of-genes/O_41.png)
La subsecuencia común más larga del segundo par.
In[5]:=
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commonDNASubequence[pair[2]]
Out[5]=
![](assets.es/common-dna-subsequence-of-genes/O_42.png)
La subsecuencia común más larga del tercer par.
In[6]:=
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commonDNASubequence[pair[3]]
Out[6]=
![](assets.es/common-dna-subsequence-of-genes/O_43.png)
La subsecuencia común más larga del cuarto par.
In[7]:=
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commonDNASubequence[pair[4]]
Out[7]=
![](assets.es/common-dna-subsequence-of-genes/O_44.png)
La subsecuencia común más larga del quinto par.
In[8]:=
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commonDNASubequence[pair[5]]
Out[8]=
![](assets.es/common-dna-subsequence-of-genes/O_45.png)
La subsecuencia común más larga del sexto par.
In[9]:=
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commonDNASubequence[pair[6]]
Out[9]=
![](assets.es/common-dna-subsequence-of-genes/O_46.png)
In[10]:=
![Click for copyable input](assets.es/common-dna-subsequence-of-genes/In_41.png)
commonDNASubequence[pair[6]]
Out[10]=
![](assets.es/common-dna-subsequence-of-genes/O_47.png)