유전자의 일반적인 DNA 부분 배열
버전 7에 소개되었된 LongestCommonSequence와 LongestCommonSubsequence에 위치적 카운터파트를 가미하여 LongestCommonSequencePositions과 LongestCommonSubsequencePositions으로 새롭게 단장하였습니다.
Y 염색체의 랜덤 유전자의 DNA 염기 서열을 비교합니다.
In[1]:=
![Click for copyable input](assets.ko/common-dna-subsequence-of-genes/In_32.png)
genes = RandomSample[GenomeData["ChromosomeYGenes"], 4]
Out[1]=
![](assets.ko/common-dna-subsequence-of-genes/O_40.png)
유전자를 쌍으로 그룹화합니다.
In[2]:=
![Click for copyable input](assets.ko/common-dna-subsequence-of-genes/In_33.png)
With[{subsets = Subsets[genes, {2}]},
Table[pair[i] = subsets[[i]], {i, 1, Length[subsets]}]];
각 쌍에 공통으로 적용하는 가장 긴 연속적인 DNA 서열의 위치를 배열 자체와 함께 구하는 함수를 정의합니다
In[3]:=
![Click for copyable input](assets.ko/common-dna-subsequence-of-genes/In_34.png)
commonDNASubequence[{g1_, g2_}] :=
With[{d1 = GenomeData[g1], d2 = GenomeData[g2]}, {{g1, g2},
LongestCommonSubsequencePositions[d1, d2],
LongestCommonSubsequence[d1, d2]}]
첫번째 쌍의 최장 공통 부분열을 알아봅니다.
In[4]:=
![Click for copyable input](assets.ko/common-dna-subsequence-of-genes/In_35.png)
commonDNASubequence[pair[1]]
Out[4]=
![](assets.ko/common-dna-subsequence-of-genes/O_41.png)
두번째 쌍의 최장 공통 부분열을 살펴봅니다.
In[5]:=
![Click for copyable input](assets.ko/common-dna-subsequence-of-genes/In_36.png)
commonDNASubequence[pair[2]]
Out[5]=
![](assets.ko/common-dna-subsequence-of-genes/O_42.png)
세번째 쌍의 최장 공통 부분열을 살펴봅니다.
In[6]:=
![Click for copyable input](assets.ko/common-dna-subsequence-of-genes/In_37.png)
commonDNASubequence[pair[3]]
Out[6]=
![](assets.ko/common-dna-subsequence-of-genes/O_43.png)
네번째 쌍의 최장 공통 부분열을 살펴봅니다.
In[7]:=
![Click for copyable input](assets.ko/common-dna-subsequence-of-genes/In_38.png)
commonDNASubequence[pair[4]]
Out[7]=
![](assets.ko/common-dna-subsequence-of-genes/O_44.png)
다섯번째 쌍의 최장 공통 부분열을 살펴봅니다.
In[8]:=
![Click for copyable input](assets.ko/common-dna-subsequence-of-genes/In_39.png)
commonDNASubequence[pair[5]]
Out[8]=
![](assets.ko/common-dna-subsequence-of-genes/O_45.png)
여섯번째 쌍의 최장 공통 부분열을 살펴봅니다.
In[9]:=
![Click for copyable input](assets.ko/common-dna-subsequence-of-genes/In_40.png)
commonDNASubequence[pair[6]]
Out[9]=
![](assets.ko/common-dna-subsequence-of-genes/O_46.png)