Decomposição da cadeia de caracteres
Examine as frequências relativas de códons (grupo de 3 nucleotídeos consecutivos) na lista de nucleotídeos de um gene.
Obtenha a sequência de DNA do gene humano "SCNN1A".
In[1]:=
dnasequence = GenomeData["SCNN1A", "FullSequence"];
Use StringPartition para criar a lista correspondente de códons .
In[2]:=
codons = StringPartition[dnasequence, 3];
In[3]:=
Take[codons, 10]
Out[3]=
Calcule a frequência relativa de cada códon neste gene.
In[4]:=
frequencies = N[Counts[codons]/Length[codons]];
Existem 64 possíveis códons formados a partir dos nucleotídeos A, C, G, T, e todos aparecem no gene selecionado.
In[5]:=
frequencies // Length
Out[5]=
Ache os 3 códons com as frequências mais altas.
In[6]:=
TakeLargest[frequencies, 3]
Out[6]=
Ache os 3 códons com as frequências mais baixas.
In[7]:=
TakeSmallest[frequencies, 3]
Out[7]=
Visualize todas as frequências relativas em um Grid.
mostre o input completo da Wolfram Language
Out[8]=