Segmentierung eines Knieknochens in 3D 

Um die Eigenschaften einer Volumenskomponente zu messen und zu quantifizieren, bedarf es als ersten Schritt der Segmentierung. Um Knochenzellstoff in einem MRT-Volumen zu segmentieren, wird zunächst mittels eines Clustering-Algorithmus ein erstes grobes Ergebnis ermittelt. Anschließend gelangt man mit dem GrowCut-Verfahren zum Endergebnis.

In[1]:=
Click for copyable input
X
Out[1]=

Auf das Volumen wird ein MedianFilter angewendet, um etwaiges Rauschen zu regularisieren. Eine initiale Segmentierung wird durch die Gruppierung von Voxel-Intensitäten mittels ClusteringComponents ermittelt. Dieser Vorgang gliedert die Daten in drei Regionen: in den leeren Raum, in Muskelmasse und in den Rest also Knochen, Fett und Haut.

In[2]:=
Click for copyable input
X
Out[2]=

Extrahieren Sie das Segment mit der höchsten Durchschnittsintensität, bestehend aus Knochen, Fett und Haut.

In[3]:=
Click for copyable input
X
Out[3]=
In[4]:=
Click for copyable input
X
Out[4]=

GrowCutComponents ermöglicht eine saubere endgültige Segmentierung. Zur unterschiedlichen Markierung von Knochen und Bereichen, die keine Knochen sind, kann man morphologische Operationen anwenden.

Das Knochensegment kann durch eine Erosion mit Radius 4 markiert werden. So werden alle dünnen Haut- und Fettschichten entfernt, allerdings auch Teile des Knochens.

In[5]:=
Click for copyable input
X
Out[5]=

Nun zum markierten Bereich, der nicht zum Knochen gehört: Vergrößern Sie mittels Dilatation das nach der Erosion resultierende Knochenvolumen und extrahieren Sie die Fläche rund um das erweiterte Volumen.

In[6]:=
Click for copyable input
X
Out[6]=

Führen Sie den 3D GrowCut-Algorithmus aus, um die Segmentierung zu verfeinern.

In[7]:=
Click for copyable input
X
Out[7]=

Visualisieren Sie die Segmentierung.

In[8]:=
Click for copyable input
X
Out[8]=

Nun kann für jedes Segment Größe und Dichte berechnet werden.

In[9]:=
Click for copyable input
X
Out[9]=
Out[37]//TraditionalForm=
en es ja pt-br zh