Subsequência de DNA comum de genes
As funções da versão 7 LongestCommonSequence e LongestCommonSubsequence agora são complementadas pelas suas contrapartidas posicionais LongestCommonSequencePositions e LongestCommonSubsequencePositions.
Comparar as sequências de DNA de genes aleatórios do cromossomo Y.
In[1]:=
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genes = RandomSample[GenomeData["ChromosomeYGenes"], 4]
Out[1]=
![](assets.pt-br/common-dna-subsequence-of-genes/O_40.png)
Agrupe esses genes em pares.
In[2]:=
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With[{subsets = Subsets[genes, {2}]},
Table[pair[i] = subsets[[i]], {i, 1, Length[subsets]}]];
Defina uma função que irá obter as posições da maior sequência de DNA contínua comum a cada par, juntamente com a própria sequência.
In[3]:=
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commonDNASubequence[{g1_, g2_}] :=
With[{d1 = GenomeData[g1], d2 = GenomeData[g2]}, {{g1, g2},
LongestCommonSubsequencePositions[d1, d2],
LongestCommonSubsequence[d1, d2]}]
Maior subsequência comum do primeiro par.
In[4]:=
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commonDNASubequence[pair[1]]
Out[4]=
![](assets.pt-br/common-dna-subsequence-of-genes/O_41.png)
Maior subsequência comum do terceiro par.
In[5]:=
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commonDNASubequence[pair[2]]
Out[5]=
![](assets.pt-br/common-dna-subsequence-of-genes/O_42.png)
Maior subsequência comum do segundo par.
In[6]:=
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commonDNASubequence[pair[3]]
Out[6]=
![](assets.pt-br/common-dna-subsequence-of-genes/O_43.png)
Maior subsequência comum do quarto par.
In[7]:=
![Click for copyable input](assets.pt-br/common-dna-subsequence-of-genes/In_38.png)
commonDNASubequence[pair[4]]
Out[7]=
![](assets.pt-br/common-dna-subsequence-of-genes/O_44.png)
Maior subsequência comum do quinto par.
In[8]:=
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commonDNASubequence[pair[5]]
Out[8]=
![](assets.pt-br/common-dna-subsequence-of-genes/O_45.png)
Maior subsequência comum do sexto par.
In[9]:=
![Click for copyable input](assets.pt-br/common-dna-subsequence-of-genes/In_40.png)
commonDNASubequence[pair[6]]
Out[9]=
![](assets.pt-br/common-dna-subsequence-of-genes/O_46.png)