Spleißstellen in einer DNA-Sequenz finden
Eine DNA-Sequenz wird mit den Buchstaben A, C, G und T angegeben. Angenommen, eine Sequenz beginnt mit einem Exon, enthält eine Spleißstelle und endet mit einem Intron. Wenn die Exons eine einheitliche Basenzusammensetzung haben, die Introns weniger C und G aufweisen und das Spleißstellen-Konsensnukleotid mit der Wahrscheinlichkeit von 0,95 G ist, so sind die Häufigkeitsverteilungen wie folgt:
In[1]:= | ![]() X |
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Der Automat nimmt Zustände für Exon (1), Spleißen (2), Intron (3) und Ende (4) an, mit den folgenden Übergangswahrscheinlichkeiten zwischen Zuständen:
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In[3]:= | ![]() X |
Die Emissionen sind die Nukleotide A (1), C (2), G (3), T (4) oder Ende (5).
In[4]:= | ![]() X |
In[5]:= | ![]() X |
Finden Sie die wahrscheinlichste Nukleotidsubsequenz (Exon, Spleißen, Intron oder Ende).
In[6]:= | ![]() X |
Out[6]= | ![]() |
Ermitteln Sie die Verbundwahrscheinlichkeit der Vorgänger-Nukleotidsequenz und der DNA-Sequenz.
In[7]:= | ![]() X |
Out[7]= | ![]() |